Эли Коэн родился 26 декабря 1924 года в египетской Александрии, в семье Шауля и Софи Коэн, которые эмигрировали в Египет из сирийского города Алеппо. Учился во французском лицее и еврейской религиозной школе «Мидрешет Рамбам». Затем поступил на электротехнический факультет Университета имени короля Фарука I, но в 25 лет в 1949 году был исключён за сионистскую деятельность.

В октябре того же года семья Коэна репатриировалась в Израиль, но Эли предпочёл остаться в Египте под предлогом продолжения учёбы чтобы координировать работу еврейских подпольщиков в Египте, выполняя указания израильской разведки. Спустя 7 лет он был выслан из Египта, как неблагонадежный, после чего оказался в Израиле. «Моссад» сначала отказал Коэну в поступлении на службу, ссылаясь на его «архаичный иврит», он работал бухгалтером в торговой сети «Машбир ле-Цархан», из-за работы в котором он отказался от службы в военной разведке АМАН. Однако в 1950-м году, потеряв работу он ввоенной разведшколе все-таки оказался, откуда за успехи в учебе и потенциал, его перевели в «Моссад». Коэн наладил свои сирийские связи среди высокопоставленных лиц в Аргентине, приехав туда по легенде богатого сирийского бизнесмена. В частности, ему удалось подружиться с будущим в то время президентом Сирии Амин аль-Хафез, который возглавил страну уже через год. Связь с внешней разведкой Израиля Эли Коэн держал с помощью портативного радиопередатчика и отправлял послания, написанные невидимыми чернилами. Расшифровкой сообщений занимался его родной брат Морис Коэн, который даже не подозревал, какое-то время, что «наш человек в Дамаске» — его родной брат Эли. «Моссад» передавал ему указания в зашифрованном виде по радио, откуда лились душераздирающие арабские песни, транслировавшиеся Израилем «по заявкам радиослушателей».

Благодаря Эли Коэну Израиль получил сотни телеграмм со стратегически важной информацией, такой как расположение бункеров, где хранилось новое советское оружие и прибытие в Сирию двухсот советских танков Т-54. В еврейское государство утекло такое важное сведение, как стратегический план захвата части севера Израиля.

18 января 1965 года был раскрыт с помощью новейшего советского радиопеленгатора и арестован у себя дома прямо во время сеанса радиосвязи. При обыске его дома обнаружили радиопередатчик, фотографии секретных объектов и взрывчатку. Суд приговорил его к смертной казни через повешение и спустя 4 месяца он был приведен в исполнение в присутствии десяти тысяч человек и миллионов телезрителей – казнь Эли Коэна транслировали в телеэфире.