Яфа Яркони родилась 24 декабря 1925 года в Гиватаиме, в подмандатной Палестине.
Ее родители, Малька Алхасова и Авраам Авраамов (Абрамов) были горскими евреями, прибывшими в Палестину на рубеже XX века, В семье было трое детей: Тиква (1921 г.р.), Яфа (1925) и Биньямин (1927). Отец занимался торговлей мануфактурой, часто и надолго ездил в Южную Африку. В 1930-х годах семья переехала в пригород Тель-Авива Гиватаим, где мать Яфы открыла кафе, ставшее популярным среди творческих людей, и где ее дети выступали в составе созданной ими музыкально-танцевальной группы.

По рекомендации актера Шмуэля Фишера, постоянного посетителя кафе, Яфа была принята в класс классического балета, который вела Гертруда Краус, будущий лауреат Государственной премии Израиля 1968 года, одна из основателей школы хореографии в Израиле, где училась, в течение 10 лет, в том числе, игре на фортепиано. Уже во время учебы она была принята в танцевальную труппу «Палестинской оперы», где танцевала 12 лет, пока в 1945 году не получила травму ноги.

21 сентября 1944 года Яфа вышла замуж за Йосефа Гастина, волонтера Еврейской бригады, который погиб в 1945 году в боях за реку Сенио в северной Италии.

В 1948 году Яфа Гастин вышла замуж за Шайке Яркони (Shaike Yarkoni), служившего в то время в только созданной Армии обороны Израиля . В этом браке у нее родилось три дочери: Орит (1950 г.р.), Тамар (1953) и Рут (1956).

В 1967 году Яркони удостоилась чести спеть "Золотой Иерусалим" перед Стеной плача после освобождения города израильскими войсками.

Она путешествовала по всему миру, исполняя новые песни на иврите, ее восторженно встречала публика в Карнеги-холле в Нью-Йорке, в парижской "Олимпии" и лондонском "Палладиуме".

В 1998 году Яфа Яркони была удостоена Государственной премии Израиля по случаю пятидесятой годовщины со дня основания государства. В 2000 году вышел ее компакт-диск "Румыния, Румыния" с песнями на идиш, продюсером выступил Шимон Рутберг, написавший музыку к гимну Израиля, занменитой "Атикве" ("Надежда").

В 2002 году после спорного радиоинтервью, в котором певица выступила против каких-то политических действий израильского правительства, Яркони стала получать гневные письма, более того, ей откровенно угрожали. Тогда же многие из ее концертов были отменены, а ее песни бойкотировали.

В 2005 году накануне своего 80-летия Яркони пела во время празднования 57-й годовщины создания Государства Израиль, а затем выступила в тель-авивском гей-клубе – она всегда умела мыслить широко и демократично.

В последние годы Яркони страдала от болезни Альцгеймера. Она похоронена на кладбище Кирьят-Шауль рядом с мужем.