Родился на Украине в посёлке городского типа Каменный Брод, бывшем еврейском местечке. В интервью израильскому порталу «IzRus» Ю. И. Каннер сказал: «Я еврей из местечка, чьи предки погибли в Катастрофе».

До 17 лет жил в селе Нижняя Тавда Тюменской области.

В 1976 году окончил Саратовский экономический институт. Кандидат экономических наук.

В советское время занимал должность заместителя председателя колхоза «Большевик» в Тюменской области.

Бизнес

В 1990-х годах был гендиректором ЗАО «Межотраслевой консорциум „Интерсплав“», занимавшегося строительством и реставрацией зданий в центре столицы по инвестиционным контрактам с мэрией Москвы. Является соучредителем семи компаний, связанных со строительной деятельностью и операциями с недвижимостью. В настоящее время Ю. И. Каннер также является членом Совета директоров акционерного общества «Политех-4», занимающимся управлением недвижимостью в Москве.

Общественная деятельность

Ю. И. Каннер ведёт активную общественную деятельность.

14 мая 2009 года президиум Российского еврейского конгресса (РЕК) утвердил кандидатуру Ю. И. Каннера на должность президента организации. Выступая после избрания президентом РЕК, Каннер заявил: «Миссия Российского еврейского конгресса - способствовать формированию в России плюралистического еврейского сообщества, которое гордится своим прошлым, твердо стоит на российской земле и обращено лицом к Иерусалиму».

По словам Каннера, для РЕК крайне важно развивать те программы, которые привлекли бы новых людей к общинной жизни. Одной из основных задач Конгресса он считает формирование по всей стране самоуправляемых и самофинансируемых еврейских общин.

После создания РЕК в 1996 году Ю. И. Каннер стал шестым президентом этой организации.