После массового выезда евреев Буйнакска в Израиль и в другие страны в 90-х годах прошлого века религиозные службы в синагоге не проводятся. Некогда красивейшая синагога Кавказа в настоящее время находится в плачевном состоянии. Здание сохранило лишь некоторые признаки былого величия. Стекла в окнах, плотно закрытых изнутри ставнями, почти везде отсутствуют. К сожалению, несколько раз на территорию синагоги пробирались хулиганы и совершали поджоги. В сентябре этого года, одновременно с благоустройством территории буйнакского еврейского кладбища, проводилась уборка территории двора синагоги: было разобрано ветхое подсобное помещение, срезаны кусты и ветки деревьев, вынесен на улицу мусор.
В среду, 25 сентября 2019 года, глава администрации дагестанского города Буйнакска Исламудин Нургудаев встретился с председателем Централизованной организации иудейских общин республики Дагестан Валерием Дибияевым, прибывшим из Махачкалы. На встрече в администрации города также присутствовали начальник отдела министерства национальной политики и делам религии республики Дагестан Магомедали Гапаров, помощник главы городского округа Александр Фролов и предприниматель, житель города Пермь, выходец из города Буйнакска Александр Писаков.
В ходе встречи стороны обсудили вопросы взаимодействия администрации с религиозной общиной евреев. Приветствуя гостей, Исламудин Нургудаев отметил заслуги еврейской общины города в области образования, строительства и культуры», сообщает информационный ресурс администрации г.о. Буйнакск.
После встречи в администрации города делегация посетила территорию еврейского кладбища и городскую синагогу для ознакомления с проводимыми работами. Глава города Исламудин Нургудаев выразил отдельную благодарность Ильясу Раджабову за помощь, оказываемую им еврейской общине на протяжении шести месяцев.
Александр Писаков рассказал о проведенных с апреля по сентябрь 2019 года работах по уборке и благоустройству территории еврейского кладбища, реставрации памятников, монтажу тротуарной дорожки, восстановлению каменной ограды кладбища, а также о проведенной накануне очистке двора синагоги и прилегающей территории после недавнего пожара, установлении камер видеонаблюдения. Он также рассказал о планах достроить ограду двора синагоги, сделать ее повыше, произвести ремонт пристройки, в которой ранее жил раввин, чтобы поселить там сторожа.
Представитель министерства национальной политики республики Магомед Гапаров отметил, что в недавнем прошлом эти территории были заброшены, но благодаря стараниям выходцев из Буйнакска, проживающих в разных странах мира, территория кладбища и синагога заметно преобразились.
Глава городской администрации пообещал оказать помощь в восстановлении синагоги после пожара.
Валерий Дибияев поблагодарил руководство города за помощь и поддержку и выразил надежду на дальнейшее сотрудничество.
В завершение встречи Исламудин Нургудаев поблагодарил гостей за оказываемое внимание и заботу в деле восстановления объектов культурного и религиозного значения, напомнив, что здание Буйнакской синагоги является одним из самых старых на территории Северо-Кавказского ФО.
В середине 19-го века в Темир-Хан-Шуре (совр. Буйнакск) проживало около 60 семей горских евреев, прибывших в крепость из соседних, а также из южных селений Дагестана: Эрпели, Джунгутая, Карабудахкента, Доргели, Аксая, Маджалиса и др.
Прибывшие из Дербента раввины Авраам бен Ханука и его брат Яшаиё возглавили общину горских евреев Темир-Хан-Шуры. Поданное ими в администрацию крепости прошение о строительстве синагоги было удовлетворено. Разрешение, полученное в 1860 году, стало главным событием в жизни общины. Строительство синагоги продолжалось два года и финансировалось за счет благотворительных пожертвований семей горских евреев. Существует предположение, что здание синагоги Темир-Хан-Шуры было построено по образцу синагоги города Ковно (современный Каунас). Синагога открылась 14 апреля 1862 года на праздник Песах.
Позднее на прилегающей к синагоге территории была построена ешива. Темир-Хан-Шура стала одним из еврейских религиозных центров края в середине XIX века. Даян Темир-Хан-Шуры признавался царскими властями в качестве главного раввина горских евреев Северного Дагестана и соседних районов (даян Дербента считался главным раввином горских евреев Южного Дагестана и Азербайджана).
С установлением Советской власти здание синагоги перенесло много испытаний: оно было конфисковано у общины и использовалось как склад для хранения зерна, а затем его передали даргинскому училищу. Только в 1945 году, после окончания Великой Отечественной войны, его вернули евреям, и религиозная жизнь общины была восстановлена.