Еврейское присутствие в районе слияния рек Рона и Сона, на юго-востоке Франции, зафиксировано раньше, чем в Париже.
По некоторым сведениям, в 39 г. н. э. в город Лугдунум (современный Лион) был сослан императором Калигулой тетрарх Галилеи Ирод Антипа. По всей видимости, уже во II веке в городе проживало еврейское население, однако о нем мало что известно вплоть до начала IX века, когда здесь сформировалась уже значительная по численности, процветающая и влиятельная еврейская община. Однако в последующие 700– 800 лет сведения о еврейской общине Лиона носят спорадический характер. В 1548 году в Лион прибыла группа евреев с Пиренейского полуострова. Постепенно в городе сложилась община, состоявшая преимущественно из выходцев из Авиньона (этот регион принадлежал римскому папе и имел особый правовой статус, поэтому там, в отличие от остальной Франции, евреям разрешалось проживать).
На протяжении XIX века еврейское население Лиона как важного экономического центра заметно росло, и к 60-м годам назрела потребность в строительстве синагоги. В марте 1862 года муниципалитет предоставил иудейской общине участок земли на набережной Тильзит площадью 760 квадратных метров. Возведение здания синагоги было поручено молодому зодчему-еврею Абрахаму Хиршу (1828–1913), ставшему впоследствии главным архитектором города.
20 мая 1863 года состоялась закладка первого камня в фундамент, а 23 июня 1864 прошла торжественная церемония открытия синагоги, в которой приняли участие представители основных конфессий, а так же гражданской и военной власти.
Здание состоит из двух корпусов, соединенных переходом. В меньшем, том, что выходит на набережную Тильзит, расположен молитвенный зал, в большем — офис местной иудейской консистории, кабинет раввина, учебные аудитории школы Талмуд-Тора.
Молитвенное помещение представляет собой высокий прямоугольный зал, разделенный на три части: центральный неф (вытянутое помещение, ограниченное с обеих продольных сторон рядом колонн) и по боковому приделу с каждой из двух сторон. Приделы отделены от нефа колоннами. Всего колонн 12, они символизируют 12 колен израилевых. Над приделами находится женская галерея с балюстрадами из каменных колонн. Над центральной частью нефа возвышается голубой купол, по диаметру которого расположены небольшие оконца, обеспечивающие проникновение света в помещение.
В восточной части нефа находится полукруглая апсида (алтарный выступ), в которой расположен резной деревянный ковчег Завета со свитками Торы. Ковчег прикрыт занавесом (парохет) из зеленого бархата. Апсида увенчана небольшим куполом, окрашенным в синий цвет с витражом в центре.Деревянная бима с тканевым навесом, поддерживаемым четырьмя деревянными колоннами, расположена прямо перед ковчегом.
В синагоге 320 посадочных мест для мужчин внизу и 235 — для женщин, на верхней галерее.
Нелегкие времена пережила Лионская синагога в годы нацистской оккупации. С начала войны Лион принимал еврейских беженцев из Северной Франции. 26 мая 1943 года главный раввин Лиона Бернар Шонберг был арестован и отправлен в Освенцим. В июне 1944-го полиция, подконтрольная режиму Виши, арестовала всех, кто присутствовал в тот момент в синагоге, в том числе руководителей Лионской консистории. Всех их отправили в Освенцим, где они и погибли.
Лион был освобожден от нацистов 2 сентября 1944 года. После этого главным раввином города на два года становится Давид Фейверкье. Интересно, что рав Фейверкье отменил в синагоге игру на органе.
Нынешний глава Лионской консистории Марсель Дрейфус выступил в 2008 году инициатором реставрации обветшавшего здания синагоги. В итоге были проведены работы по оцинковке крыши и обновлению фасада старого здания. Консистория Лиона располагается в соседнем с синагогой здании. Этот орган координирует деятельность всех еврейских общин региона Рона-Альпы.
В 1980–1990-х годах продолжалось увеличение численности еврейского населения Лиона, в первую очередь благодаря приезду в город большого числа выходцев из государств Северной Африки. В настоящее время в Лионе с пригородами проживает около 40 тысяч евреев, действуют 35 синагог, представлены практически все направления иудаизма, распространенные во Франции. Синагогу в настоящее время возглавляет главный раввин Лиона Ришар Вертеншлаг. Кантором является Жиль Кан. Лионская еврейская община — третья по численности во Франции после парижской и марсельской.
